大约80%的良性肺部结节是由感染性肉芽肿引起的。在以肺结节为特征的感染性肉芽肿中，地方性真菌感染（如组织胞浆菌病和球虫病）和分枝杆菌感染（结核病或非结核病）是最常见的确诊原因。虽然没有诊断意义，但它通常表现为边界清晰、完全钙化或中心钙化的肺部结节。然而，这些病变通常表现为非钙化结节，直到怀疑癌症而进行活检或切除后才被诊断。

由金黄色葡萄球菌等细菌引起的感染有时可以表现为肺结节，肺结节可以形成空洞。丝虫病是一种蚊子传播的疾病，偶尔表现为肺结节。注射蚊子媒介的幼虫会栓塞肺组织并引起肉芽肿反应，通常会导致周围形成非钙化结节，这可能被误认为是癌症。

大约10%的肺部良性结节是错构瘤。错构瘤通常见于中年人，生长缓慢数年，影像学和组织学存在异质性。软骨（有散在钙化）、脂肪、肌肉、粘液瘤组织和成纤维细胞都可能存在。错构瘤的胸部X线表现是爆米花状钙化结节，但这种表现只出现在不到10%的病例中。病变的高分辨率CT扫描特别有用，因为它们可以显示局灶性脂肪或钙化和脂肪交替的区域，几乎可以诊断错构瘤。罕见的良性肿瘤，如纤维瘤、平滑肌瘤、血管瘤、淀粉样瘤和肺泡肺细胞瘤（也称为肺硬化性血管瘤），没有典型的影像学特征.

肺动静脉畸形（PAVM）常见于遗传性出血性毛细血管扩张症，但也可能是特发性的。当根据CT图像（如看到血液供应动脉和静脉）怀疑PAVM时，应避免活检。散发性肺结节的罕见血管原因包括肺梗死、肺静脉曲张、肺挫伤或血肿。